Tijdens etappe 2 van de Dakar reden de deelnemers van Pisco naar San Juan de Marcona. De rijders moesten tijdens deze etappe een special van 342 km afleggen met daarin veel zandduinen. Amerikaan Ricky Brabec begon zijn special goed en passeerde veel waypoints met een schommelende voorsprong die tussen één seconde en 2 minuten lag. KTM-rijder (en kampioen Dakar 2018) Matthias Walkner zag de Amerikaan tijdens de eerste etappe als derde finishen en eindigde zelf op de 7e plaats. Met een sterk eindslot reed hij de voorsprong van Brabec dicht en eindigde deze etappe als eerste, met een verschil van maar 22 seconden op Brabec.

Honda-rijder en winnaar van de eerste etappe Joan Barreda passeerde de finishlijn als 3e en behoudt daarmee de leiding in het klassement, gevolgd door Walkner en Brabec. Chileen Pablo Quintanilla verloor vanwege een falend timingsysteem kostbare tijd en eindigde op de 5e plaats, achter KTM-rijder Toby Price. De top 10 werd compleet gemaakt met rijders Sam Sunderland, Adrien van Beveren, Kevin Benavides, Andrew Short en José Cornejo.

Bij de Nederlanders kon debutant Mark Tielemans tevreden terugkijken op de 2e etappe. Hij finishte op de 52e plaats als beste Nederlander, gevolgd door Sjors van Heertum (54e plaats), Wesley Pittens (57e plaats) en Edwin Straver (60e plaats). De ervaren Mirjam Pol had door een 64e plaats een betere dag dan in etappe 1 (78e plaats). Achter haar volgden nog 7 Nederlandse Dakar deelnemers verdeeld over het rijdersveld.

 
Red Bull Content Pool