Nadat de eerste stage van Dakar 2016 was afgelast vanwege slecht weer, trof de aanhoudende regen ook de tweede stage van Carlos Paz naar Termas Rio Hondo. De special stage van vandaag werd ingekort tot het vierde checkpoint, waardoor de af te leggen afstand van de geklokte special van 450km naar 354km af nam. Tevens werd de route op een aantal plaatsen verlegd, vanwege door regen aangetaste stukken route.
KTM fabrieksrijder Toby Price (Aus) wist de tweede stage te winnen, in 3 uur, 46 minuten en 24 seconden, voor de Portugees Ruben Faria (Husqvarna), die slechts 20 seconden achterstand opliep. De derde plaats was voor Stefan Svitko (Svk), eveneens op een KTM op 1 minuut 28. Beste Nederlander was Hans Vogels (KTM) op de 30e plaats met 15 minuten en 7 seconden achterstand. Caspar van Heertum en Senn van Basel liepen respectievelijk 15 en 3 minuten straftijd op. Price leidt eveneens het algemeen klassement voor Faria en Svitko.
| Pos. | Rijder | Land | Merk | Verschil |
| 1 | Price | Aus | KTM | 0.00.00 |
| 2 | Faria | PRT | Husqvarna | 0.00.20 |
| 3 | Svitko | Svk | KTM | 0.01.28 |
| 4 | Duclos | Fra | Sherco | 0.01.51 |
| 5 | Walkner | Aut | KTM | 0.02.00 |
| 6 | Goncalves | Prt | Honda | 0.02.38 |
| 7 | Barreda | Esp | Honda | 0.03.22 |
| 8 | Benavides | Arg | Honda | 0.03.36 |
| 9 | Pedrero Garcia | Esp | Sherco | 0.04.25 |
| 10 | Quintanilla | Chl | Husqvarna | 0.04.32 |
| 30 | Vogels | Nld | KTM | 0.15.07 |
| 35 | Verhoeven | Nld | Yamaha | 0.18.12 |
| 39 | Van Pelt jr. | Nld | Husqvarna | 0.21.20 |
| 54 | Verkade | Nld | Honda | 0.30.18 |
| 60 | Van Gerven | Nld | KTM | 0.34.33 |
| 61 | Van den Goorbegh | Nld | KTM | 0.34.46 |
| 63 | Wijnhoven | Nld | KTM | 0.36.07 |
| 67 | Smits | Nld | Honda | 0.39.19 |
| 68 | Martens | Nld | Husqvarna | 0.39.19 |
| 89 | M. van Heertum | Nld | KTM | 0.49.49 |
| 98 | Riezebos | Nld | KTM | 0.55.02 |
| 109 | Smit | Nld | Husqvarna | 1.05.11 |
| 112 | Senn van Basel | Nld | KTM | 1.09.17 |
| 113 | C. van Heertum | Nld | KTM | 1.10.00 |
| 116 | Liefhebber | Nld | KTM | 1.10.42 |
| 123 | Van Geel | Nld | KTM | 1.24.21 |
Foto: KTM; Bauer E./RallyZone
